L’usage des référés administratifs en matière de dérogations espèces protégées : le référé administratif, un couteau suisse juridique ?

Par Me Laurent GIMALAC, Avocat spécialiste en droit de l'environnement. 


Face aux atteintes environnementales, notamment celles portant sur les espèces protégées, le contentieux administratif d’urgence, à travers les référés, constitue un outil incontournable. Pourtant, si l’usage des référés administratifs (référé-suspension, référé-instruction, référé-liberté) semble constituer une réponse adaptée, leur efficacité dépend strictement de leur usage pertinent. Dès lors, ces procédures sont-elles réellement un « couteau suisse » permettant une action efficace en faveur de l'environnement, ou s'agit-il d'outils complexes dont la réussite dépend d'une maîtrise précise ?

I. Le référé-instruction (référé expertise) : établir les faits pour mieux défendre l’environnement

Les articles R.532-1 à R.532-5 du code de justice administrative permettent au juge de référé de prononcer des mesures d’expertise dès lors qu’elles sont utiles à la résolution d’un litige existant ou futur relevant de la compétence administrative. En matière environnementale, cette procédure est essentielle pour évaluer précisément les atteintes aux espèces protégées, l'effectivité des mesures compensatoires ou les risques liés à certains projets.

Son utilisation, bien que moins spectaculaire, est déterminante dans les litiges complexes, où la preuve technique est centrale.

II. Le référé suspension : stopper rapidement les atteintes environnementales en cours

Le référé suspension prévu par l'article L. 521-1 du code de justice administrative offre un recours en urgence pour suspendre l’exécution d’une décision administrative lorsque deux conditions cumulatives sont réunies : l’urgence et un doute sérieux quant à la légalité de la décision.

Illustrations jurisprudentielles :

  • Le Conseil d'État, dans un arrêt récent (8 avril 2024, n°469526), a suspendu un projet malgré la réalisation à 90 % des travaux en raison de la gravité persistante de l'atteinte aux espèces protégées.
  • Le juge administratif a fréquemment reconnu l’urgence lorsqu'une destruction d’espèces protégées était imminente ou irréversible (TA Dijon, ord., 2 octobre 2012, confirmé CE, 9 oct. 2013, n°366803 ; CE, 3 juillet 2020, n°430585, pour un éco-quartier).
  • Toutefois, lorsque l'atteinte est déjà largement consommée, le juge peut refuser la suspension pour absence d’urgence (TA Grenoble, 16 nov. 2022, n°2206980).

Ainsi, le référé suspension constitue un recours précieux mais sa réussite suppose une appréciation subtile de l’urgence réelle et un doute sérieux fondé juridiquement.

III. Le référé liberté : l’arme suprême ?

Ce recours, inscrit à l'article L.521-2 du code de justice administrative, permet au juge des référés d’ordonner, dans un délai très court de 48 heures, des mesures nécessaires pour faire cesser une atteinte grave et manifestement illégale à une liberté fondamentale. Depuis 2005, la préservation de l’environnement constitue effectivement une liberté fondamentale reconnue par le juge administratif (CE, 20 septembre 2022, n°451129).

Illustrations jurisprudentielles :

  • Le TA de Montpellier (7 mars 2024, n°2401295) a suspendu en urgence un projet d’aménagement portant atteinte à des espèces protégées dans une zone humide.
  • Cependant, son efficacité reste limitée par l’exigence d’une atteinte à la fois grave et manifestement illégale, ce qui nécessite une démonstration rigoureuse. Plusieurs recours en référé-liberté ont ainsi été rejetés lorsque cette condition n’était pas pleinement établie (TA Marseille, 5 oct. 2022, n°2208000).

Conclusion : les référés administratifs, des outils performants sous conditions

Les référés administratifs apparaissent comme des outils performants et adaptables, capables de réagir efficacement face à l’urgence environnementale et notamment dans la protection des espèces protégées. Toutefois, leur efficacité dépend directement d'une utilisation pertinente et maîtrisée : choix stratégique du bon référé selon les circonstances (suspension, expertise ou liberté), respect strict des conditions juridiques (urgence réelle, doute sérieux, atteinte manifeste), et démonstration rigoureuse des faits.

Ainsi, s’ils représentent effectivement un véritable « couteau suisse » juridique, leur maniement nécessite habileté, anticipation et précision.



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